Особое значение для развития музея в период с 1828 по 1860 год имела деятельность члена-корреспондента Петербургской академии наук профессора Э.А.Эверсманна, известного путешественника и биогеографа. В актовой речи в 1839г он подчёркивал необходимость постигнуть явления "всегда юной природы, которая не стареет, не слабеет, в которой находит ум новые предметы для своих исследований, хотя бы века для людей проходили в этих непрерывных занятиях".

При Э.А.Эверсманне музей окончательно принял характер систематизированного собрания зоологических коллекций. Начались значительные регулярные поступления препаратов за счёт приобретений у частных коллекционеров и покупок за границей: в Висбадене, Лейпциге, Берлине и особенно в Гамбурге у владельца торговой фирмы Брандта. Благодаря именно этим приобретениям музей сейчас имеет большое количество ценных экспонатов. Уже к 1 января 1844г, по официальному отчёту, в музее числились 5735 предметов. За последующие десять лет в музей поступило ещё около 400 экспонатов: чучела 57 млекопитающих и 208 птиц, приобретённые в основном у Брандта в Гамбурге.

С 1860 года музеем заведует профессор Н.П.Вагнер, с 1871 по 1897 год - профессор Н.М.Мельников.

В период с 1890 по 1897 год очень много сделали для музея М.Д.Рузский, И.Н.Стрельников, С.И.Билькевич. За это время были собраны 978 экземпляров птиц Казанской губернии.