Первое наполнение коллекций для будущего музея относится к концу XVIII века. Оно произошло в недрах Казанской гимназии, на базе которой был открыт Казанский университет. В 1798 году в Казань была доставлена коллекция минералов из личного собрания князя Потемкина-Таврического. Первоначально эта коллекция предназначалась для задуманного Екатериной II университета в Екатеринославле, но по указу Павла I она вместе с библиотекой поступила в Казанскую гимназию. В 1804 году, при открытии университета, эта коллекция и разрозненные палеонтологические находки из числа "натуральных вещей" гимназии легли в основу музея, состоявшего тогда из Минерального Кабинета и Кабинета естественной или натуральной истории.

По инициативе попечителя Казанского учебного округа С.Я.Румовского Совет университета обратился в 1805 году к преподавателям подведомственных училищ с просьбой, "чтобы они сколько возможно собирали редкости из всех трех царств природы". Раньше всех откликнулся пермский краевед Никита Попов, приславший коллекцию горных пород и минералов с Урала.

В первой половине XIX столетия в музей поступили крупное собрание минералов адъюнкта университета А.И.Лобачевского из его экспедиции по Сибири 1819 года и коллекция редких по красоте и размерам раковин южных морей, привезенная профессором И.М.Симоновым из первой русской кругосветной Антарктической экспедиции 1818-21 гг.

Позже И.М.Симонов вместе с А.Я.Купфером с целью приобретения коллекций для музея побывали в Германии, Австрии и Италии. В последней они приобрели у профессора Кавелли из Неаполя ценную коллекцию вулканических пород и минералов.

В течение многих лет попечитель университета М.Н.Мусин-Пушкин приобретал на Екатеринбургской гранильной фабрике шлифованные уральские порфириты и яшмы.

В музей поступали также ценные камни от ведомств и отдельных людей, занимавшихся горным промыслом: от начальника Пермских горных заводов Нестеревского, начальника Кукшинских заводов в Новороссийском крае генерал-майора Фелкнера Первого... В 1838 году М.Н.Мусин-Пушкин передал в музей горные породы и минералы, собранные на медных рудниках Анатолием Николаевичем Демидовым.

С начала XIX века до первых десятилетий XX столетия для музея приобретались систематические минералогические коллекции. Основными поставщиками были известные зарубежные фирмы Роберта Дамона из Англии, доктора Кранца и доктора Верта из Германии, Небеля и Вендлера из Женевы. Ценные покупки делались у коллекционеров в Москве, Санкт-Петербурге, Вильно, Дерпте и в других музейных центрах.

В минералогических коллекциях собрано все разнообразие и богатство химических соединений. Среди минералов немало раритетов. Как то: друза флюорита из английского месторождения Кумберленд, кристалл черной шпинели весом более 21 кг из Николае-Максимилиановской копи Назямских гор Урала. Коллекция уральских малахитов, ставшая сегодня большой редкостью: минералы были добыты в XIX веке на месторождениях, теперь уже полностью выработанных.

Под началом К.Ф.Фукса, первого заведующего музеем, Адольф Яковлевич Купфер составил в 1826 году первый рукописный Каталог минералогического собрания музея.

С XIX века тщательно подбиралась коллекция псевдоморфоз, среди которых редкие псевдоморфозы малахита по азуриту, гипса по галиту, кварца по флюориту, псевдоморфозы гетита по пириту различной кристаллографической формы и т.д.

Особую ценность в Геологическом музее КГУ представляет коллекция осколков метеоритов, начало которой было положено Оханским метеоритом, упавшим 30 августа 1887 года у с. Таборы Оханского уезда Пермской губернии. Сегодня в экспозиции зала минералогии геологического музея представлены все основные генетические типы метеоритов.

Не представляется возможным перечислить фамилии ученых, преподавателей, студентов, которые в разные годы преподносили в качестве даров образцы минералов, горных пород и руд, пополняя экспозицию и запасные фонды зала минералогии ГМ КГУ. Результатом этой многолетней работы явилось то, что зал минералогии включает в себя:

- систематическую коллекцию, представляющую собой собрание минералов, сгруппированных по классам и группам,

- коллекцию природных кристаллов минералов, сгруппированных по симметрии и коллекцию синтетических кристаллов, полученных искусственно в различных лабораториях и научных центрах,

- коллекцию ювелирных, поделочных и облицовочных камней из различных отечественных и зарубежных месторождений самоцветов, в которой также представлены разнообразные изделия из драгоценных камней,

- коллекцию метеоритов,

- ряд тематических коллекций, отобранных в различных регионах России.

Наиболее полно представлены в зале минералогии такие регионы, как Кольский полуостров, Поволжье, Урал, Забайкалье, Северо-восток РФ.