Экспонаты рассказывают и о позорном "Деле Лесгафта" 1871 года. Выдающийся ученый был уволен "от службы без прошения с тем, чтобы впредь не определять его ни на какую должность по учебной части", за выступление против тогдашних порядков в университете и произвола попечителя.

На фотографии группа профессоров - семь выдающихся ученых, передовых людей России: Н.А.Головкинский, А.Я.Данилевский, В.Г.Имшенецкий, В.В.Марковников, А.И.Якобий, А.Е.Голубев, П.И.Левитский. Это они 2 ноября 1871 года обратились в Совет университета с заявлением о своей коллективной отставке в знак протеста против произвола властей. Письмо с собственноручными подписями семерых ученых помещено в экспозицию и вызывает восхищение их смелостью и независимостью. Приводим его дословно:

"В Совет Императорского Казанского Университета

В последнее время отношение большинства Совета к правам меньшинства; к которому мы имеем честь принадлежать, сделалось настолько тягостным и постоянным, что наше дальнейшее участие в работе Совета теряет всякое практическое значение в наших глазах, и - что главное, лишает нас того спокойствия, которое необходимо для занятий научными работами и для правильной преподавательской деятельности.

Вследствие вышеизложенного считаем долгом работы Совету, что мы не можем дольше оставаться, в числе его членов.
2 ноября 1871 года.
Ордин. проф. Н.Головкинский
Экстраординарный Профессор А.Голубев
Ординарный Пр. Н.Е.Данилевский
Ординарный Проф. В.Г.Имшенецкий
Ординарный Проф. П.И.Левитский
Ординарный Проф. В.В.Марковников
Ординарный Проф. А.И.Якобий"

Многие исторические события нашли свое отражение в музее: знаменитая революционная студенческая сходка 4 декабря 1887 года с участием студента Владимира Ульянова, события революции 1905 года…

Митинг у стен университета и разгон его полицией изображен на рисунке художника В.Федорова; обстановку этих дней дополняет объявление за подписью ректора И.П.Загоскина, которое было вывешено на входной двери университета: "Университет закрыт до особого распоряжения".