Немногие научные направления появились в Казанском университете с момента его открытия и успешно развиваются в настоящее время. К их числу относится ботаника, начало преподавания которой связано с именем К.Ф.Фукса - первого профессора естественной истории и ботаники, начавшего свою деятельность в университете в 1805 году.

На заседании Совета университета в декабре 1805 года Фукс объявил план, по которому был намерен преподавать естественную историю по Блюменбаху на латинском языке (Блюменбах был в числе профессоров Фукса в Геттингене). В 1805-1806 учебном году его лекции по натуральной истории слушали 13 студентов. Фукс сам был выдающимся коллектором и сумел передать эту страсть своим юным слушателям. Собранные во время экскурсий образцы, расположенные по системе Блюменбаха, использовались на занятиях и экзаменах.

"Заметив, что при училищах Казанского учебного округа нет никаких классических книг по части самой приятнейшей отрасли Натуральной истории, а именно Ботаники ... я имею намерение издавать для употребления при упомянутых училищах Российскую флору, содержащую в себе все, мною собранные и испытанные дикорастущие в Российской Империи травы...", - из представления Карла Федоровича в Совет университета. К сожалению, судьба этого сочинения, как и больших гербарных коллекций, на основе которых Фукс планировал издавать "Российскую флору", неизвестна.

Преемником Карла Федоровича на кафедре естественной истории и ботаники стал его ученик В.И.Тимьянский. В эти годы в Кабинете естественной истории университета появились первые образцы сухих растений. Часть этих материалов хранится в университетском Гербарии и сейчас (листы датированы 1815-1817 годами).

Пополнение ботанического раздела Кабинета естественной истории продолжалось и после ухода Тимьянского из Казанского университета. Из крупных коллекций следует отметить собрание образцов мировой флоры, купленное у аббата де Грандидье в 1824 году. В этот период короткое время заведовали Кабинетом естественной истории Николай Иванович Лобачевский и Эдуард Иванович Эйхвальд.